Родилась в многодетной семье мелкого чиновника. Из-за болезни родителей вынуждена была с 11 лет зарабатывать себе на хлеб. Окончила гимназию, затем два курса Петербургского психоневрологического института. В 1910 году вышла замуж за своего сокурсника Г. О. Шкапского. После Ленского расстрела вышла на демонстрацию к Казанскому собору, была арестована, две недели просидела в тюрьме. Через год снова была арестована, после двух месяцев тюрьмы была приговорена к высылке в Олонецкую губернию, однако вместо этого, по ходатайству Н. А. Шахова, ей вместе с мужем разрешено была выехать в Европу. Закончила литературный факультет в Тулузе, затем прослушала годичный курс китайского языка в Париже. В 1916 году вернулась в Россию. В начале 1920-х годов по рекомендациям А. Блока, М. Кузмина и М. Лозинского была принята в члены петроградского Союза поэтов, представив к рассмотрению ещё не опубликованную книгу стихов «Mater Dolorosa» (1921). Всего в 1922—1925 годах издала семь поэтических сборников, а также книгу стихов для детей. В 1925 году оставила поэзию и занялась журналистикой. В 1927 году переехала в Москву. Интересовалась собаководством, устраивала выставки собак, вывела породу коричневых пуделей с различными оттенками. Скоропостижно скончалась от инфаркта на выставке собак в Сокольниках. В литературном наследии Марии Шкапской мы находим лишь несколько поэтических переводов, но и они интересны в общей картине этого жанра на русском языке в ХХ веке.